研究團隊
生態工程是世界潮流之所向，歐、美、日本、中國大陸及許多發展中國家都投入相當多的資源於此領域，以期達到與自然和諧共存的目的。然而，生態系統是複雜的，生態工程的人才需要跨領域、整合性的訓練；生態工程的施做，至少需要水文、土壤、生物、土木與環境工程等多方面的考量，需要各方面的專家組成團隊。
台大生農學院之生態工程研究中心，主要的研究領域團隊涵蓋廣泛，相關的系所如下：
中心組織
生態工程研究中心共分為中心主任及五個部門，中心聘有諮詢顧問以及特約研究員，以及相關研究人員
中心主任： 余化龍 教授
而各部門的業務規劃為：
(一).畜牧與環境跨領域零碳技術應用組 （組長：蘇忠楨教授）
- 智慧化畜牧廢水處理系統規劃與應用
- 智慧化沼氣脫硫與提純系統規劃與應用
- 畜牧業跨領域碳盤查與碳交易應用
- 沼氣產量、成份與有害氣體監測與分析
- 表面水體與廢水水質指標分析
(二).土壤品質評估組（組長：許正一教授）
- 土壤分類與調查
- 土壤污染潛勢評估
- 土壤復育技術開發
- 土壤肥力診斷
- 土壤與氣候變遷
(三).森林碳管理技術研發與應用推廣組 (組長：邱祈榮副教授)
- 森林碳匯調查技術研發與應用
- 土壤碳匯估算技術與擾動碳量變化
- 生物材料碳匯效益與林產品高值化
- 森林碳權交易機制方法學研發及諮詢
- 森林碳匯調查應用推廣服務
- 森林碳匯估算轉換參數建立
- 森林碳權碳權交易推廣服務
(四). 生態智慧監測組（組長：廖國偉副教授）
- 生態智慧監測模組之研發
- 資訊傳輸系統之建立
- 前後台資訊系統之架設
- 人機介面
- 資料分析與處理
(五). 生態復育與生態系調適機制研究組 (組長：任秀慧副教授）
- 生物多樣性、生態功能、生態系服務評估及預測
- 生態韌性及生態系調適機制研析
- 農業生態學與生態系碳封存變化分析
- 河川、濕地、海岸生態復育與生態工程
- 生態檢核與生物監測
(六). 生態與農業水文環境監測組 （組長：許少瑜副教授）
- 農業土壤水、溫度與營養鹽監測
- 土壤結構與多相流體運動研析
- 流域水文環境資料監測
(七). 流域永續規劃管理組: (組長:江莉琦副教授)
- 流域環境資料調查
- 流域水質監測與分析
- 流域水文與水質模式模擬
- 農業水資源規劃與管理
- 資料分析與處理
(八). 碳收支與微生物幫浦機制研析組 (組長：蕭友晉助理教授)
- 自然環境系統溫室氣體通量監測
- 環境微生物與溫室氣體排放機制研析
- 環境微生物生物資訊分析
- 自然環境碳收支調查
- 資料分析與處理
(九).行政組（組長：潘宗毅助理研究員）
- 協助研究計畫之申請及計畫相關行政業務之執行
- 邀請國內外專家學者，舉辦學術演講
- 舉辦研討會及講習、訓練班
- 印製發行研究報告及簡介資料
成立目的與發展重點
十九世紀末期以來，科學與工程的成就，導致了環境的破壞與生態的危機。近二十年來，「沙漠化」、「臭氧層破壞」、「水資源缺乏」、「溫室效應」、「氣候變遷」等環境問題，竟成為人類能否繼續在地球上安然居住、經濟是否可以繼續發展的關鍵。如何與大自然和諧共處，成了人類二十一世紀最大的挑戰；於是，生態學與工程學被要求必須攜手合作，將生態系統觀念引進工程中的「生態工程學」，就在這種情況下產生了。
過往我國在經濟發展第一優先的情況下，環境是被犧牲者，環境對人類的反撲，讓生態工程在我國漸漸受到重視。然而，生態系統是複雜的，生態工程的人才需要跨領域、整合性的訓練，需要各方的專家組成團隊。因應我國現況，在生態工程的學術研究與工程施做上，有四大重點發展方向：
(一)、工程與生態系統的和諧
人類必須合理利用自然資源才可生存，必須利用工程維持生活的安全與便利。地球上已無一處不受到人類活動的影響，而生態系統會受到人類活動的影響而劣化；因此，工程設計上必須考慮到對生態系統的影響。生態工程的設計是一種輔助性設計，依靠生態系統自我設計功能，可以由自然界選擇合適的物種，形成合理的結構，人工與自然力的貢獻各占一半。
(二)、復育被破壞的生態系統
過去強調的是道路、橋樑、水庫、渠道、堤防、邊坡穩定等公共建設，在過往缺乏生態系統的考量之下，產生了棲地不連續、棲地多樣性消失、河川渠道化等現象，導致生態系統的破壞。生態系統的復育是指將被破壞的生態系統恢復到具有永續性的狀態，並可提高生態系統價值和生物多樣性。
(三)、利用自然機制削減污染
利用生態工程削減污染的優點在於使用自然能量與自然機制，讓建造、操作成本降低，並僅需要低度的維護，兼顧了生物多樣性的保護與人的需要。生態工程特別適合用於處理小型社區的污水，或是作為大型市鎮污水處理系統的最後一個階段。在面臨國際經濟競爭壓力時，生態工程為污水問題提供了解決之道。
(四)、善用地景營造具生物多樣性的棲地
棲地創造是利用符合生態系統原理的工程與管理方法，創造出新的生態系統，形成新的地貌和生物群落。一個地區生境空間異質性越高，就意味著創造了多樣的小生境，能夠允許更多的物種共存；但，農業地的特色剛好與之相反。隨著產業結構的改變，我國農地休耕面積逐年增加，這些閒置的農地可藉由生態工程方法營造為具有生物多樣性的棲地。不但加強了環境保育的效果外，農場經營方式也可轉型為休閒農業，迎合人類對於自然的嚮往。
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