十九世紀末期以來，科學與工程的成就，導致了環境的破壞與生態的危機。近二十年來，「沙漠化」、「臭氧層破壞」、「水資源缺乏」、「溫室效應」、「氣候變遷」等環境問題，竟成為人類能否繼續在地球上安然居住、經濟是否可以繼續發展的關鍵。如何與大自然和諧共處，成了人類二十一世紀最大的挑戰；於是，生態學與工程學被要求必須攜手合作，將生態系統觀念引進工程中的「生態工程學」，就在這種情況下產生了。
過往我國在經濟發展第一優先的情況下，環境是被犧牲者，環境對人類的反撲，讓生態工程在我國漸漸受到重視。然而，生態系統是複雜的，生態工程的人才需要跨領域、整合性的訓練，需要各方的專家組成團隊。因應我國現況，在生態工程的學術研究與工程施做上，有四大重點發展方向：
(一)、工程與生態系統的和諧
人類必須合理利用自然資源才可生存，必須利用工程維持生活的安全與便利。地球上已無一處不受到人類活動的影響，而生態系統會受到人類活動的影響而劣化；因此，工程設計上必須考慮到對生態系統的影響。生態工程的設計是一種輔助性設計，依靠生態系統自我設計功能，可以由自然界選擇合適的物種，形成合理的結構，人工與自然力的貢獻各占一半。
(二)、復育被破壞的生態系統
過去強調的是道路、橋樑、水庫、渠道、堤防、邊坡穩定等公共建設，在過往缺乏生態系統的考量之下，產生了棲地不連續、棲地多樣性消失、河川渠道化等現象，導致生態系統的破壞。生態系統的復育是指將被破壞的生態系統恢復到具有永續性的狀態，並可提高生態系統價值和生物多樣性。
(三)、利用自然機制削減污染
利用生態工程削減污染的優點在於使用自然能量與自然機制，讓建造、操作成本降低，並僅需要低度的維護，兼顧了生物多樣性的保護與人的需要。生態工程特別適合用於處理小型社區的污水，或是作為大型市鎮污水處理系統的最後一個階段。在面臨國際經濟競爭壓力時，生態工程為污水問題提供了解決之道。
(四)、善用地景營造具生物多樣性的棲地
棲地創造是利用符合生態系統原理的工程與管理方法，創造出新的生態系統，形成新的地貌和生物群落。一個地區生境空間異質性越高，就意味著創造了多樣的小生境，能夠允許更多的物種共存；但，農業地的特色剛好與之相反。隨著產業結構的改變，我國農地休耕面積逐年增加，這些閒置的農地可藉由生態工程方法營造為具有生物多樣性的棲地。不但加強了環境保育的效果外，農場經營方式也可轉型為休閒農業，迎合人類對於自然的嚮往。
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