生態工程研究中心共分為中心主任及五個部門，中心聘有諮詢顧問與特約研究員，以及相關研究人員
中心主任： 生工系 張倉榮 教授
而各部門的業務規劃為：
(一).研究發展組 （副主任兼組長：生工系 范致豪教授）
- 研擬生態工程研究方向
- 進行生態模式與評估系統之建立
- 生態工程新穎技術之開發
- 擬定生態復育與監測系統之執行方針
(二).教學與交流合作組（副主任兼 組長：農經系 張宏浩教授）
- 生態工程相關教育訓練規劃
- 規劃與舉辦生態工程相關研討會
- 生態工程相關人才培訓規劃
- 推動國內外生態工程學術與技術交流
(三).重點計畫組 (組長：森林系 柯淳涵教授)
- 規劃重點研究方案
- 整合研究人力爭取並進行重點研究
- 重點計畫成果之績效評估與應用推廣
(四). 資訊組（組長：生工系 許少瑜教授）
- 建立生態工程基本資料庫
- 發展資訊支援系統
- 研發資料處理與傳送技術
- 整合中心研究成果，提供專業諮詢
(五). 行政組 (組長：生工系 蕭友晉助理教授）
- 協助研究計畫之申請及計畫相關行政業務之執行
- 邀請國內外專家學者，舉辦學術演講
- 舉辦研討會及講習、訓練班
- 印製發行研究報告及簡介資料
(六). 秘書處 ( 執行長：氣候天氣災害研究中心 王嘉和副研究員、
副執行長 ：水工所 黃國文技正）
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